Selon Michel FOK, chercheur au CIRAD (Centre International de Recherche Agronomique pour le Développement), depuis trois à quatre ans, le rendement du coton transgénique stagne au niveau global. On manque cependant de données plus fines et d'études détaillées pour aller plus loin dans des conclusions. Pour autant, une étude en Géorgie a montré qu'il y avait une baisse de la rentabilité économique de la culture du coton, du fait de l’augmentation des coûts d’exploitation.
On constate aussi que cette culture demande de plus en plus de connaissances techniques, alors qu’un des avantage mis en avant par les promoteurs de cette technologie, était justement la facilité d'emploi que ce produit devaient procurer.
On observe également aux Etats-Unis une augmentation des résistances des insectes et plantes nuisibles au coton transgénique; si le «coton Bt» est efficace contre une variété précise de chenille, plusieurs dizaines d’autres types de ravageurs peuvent encore l’attaquer. Auparavant, les insecticides chimiques permettaient de contrôler les principaux ravageurs tout en maintenant les ravageurs secondaires à un niveau de développement relativement bas. L’utilisation du «coton Bt» a permit de contrôler la chenille la plus gênante, ce qui a laissé un espace écologique qui a favorisé le développement d’autres ravageurs contre lesquels pour l’instant, on est encore démunis.

Aux Etats-Unis, mais aussi en Chine, les producteurs sont désemparés et doivent recourir à des pesticides classiques. Alors même que les OGM devaient nous débarrasser de l’utilisation des pesticides, certains experts américains demandent de nouveaux pesticides.

Pour le coton herbicide, on n'avait pas du tout anticipé les phénomènes de résistance massive. Pour contrôler les herbes invasives, on fait venir des travailleurs mexicains pour les arracher à la main et les brûler.
C’est la raison pour laquelle, on constate un début de retour aux variétés de coton conventionnelles bien qu’une grande proportion d’exploitants agricoles continuent de penser que l'on trouvera une nouvelle solution technologique.

Avant de revenir aux vieilles méthodes intensives, il serait intéressant d’observer de plus près les résultats de la culture raisonnée voir biologique qui toutes deux, ont fait la démonstration de leur capacité de rendement sur le long terme.